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提取FFPE組織中的核酸時(shí)的難點(diǎn)

 更新時(shí)間:2023-02-07    點(diǎn)擊量:1149

使用福爾馬林固定過組織,其組織中的蛋白質(zhì)與核酸(DNARNA)會(huì)失去生物活性。福爾馬林石蠟作為固定劑和包埋劑,將細(xì)胞保護(hù)在其中,十分影響核酸的提取,并且長(zhǎng)時(shí)間的保存可能會(huì)使樣品中的核酸發(fā)生降解

傳統(tǒng)的方法會(huì)使用二甲苯來溶解石蠟,這種有機(jī)溶劑高度易燃,在實(shí)驗(yàn)過程中需要先多次使用二甲苯來溶解石蠟,之后需要多次使用乙醇來沖洗殘留的二甲苯。在使用二甲苯溶解石蠟的過程中,大量的二甲苯可能會(huì)對(duì)核酸造成損傷,進(jìn)一步加劇核酸的降解;在溶解與沖洗過程中,即使再仔細(xì)也難免將寶貴的組織材料沖掉;并且沖洗過程很難將二甲苯WAN全洗凈,殘留的二甲苯也會(huì)影響核酸的提取效果。

此外,組織的消化程度也會(huì)影響DNA的提取效率,組織不WAN全消化極大的影響DNA的提取效率。

 

總的來說,從FFPE組織中提取DNA受到以下幾個(gè)因素的制約:組織材料有限且長(zhǎng)時(shí)間保存導(dǎo)致DNA受損,產(chǎn)量降低;使用福爾馬林浸泡組織,導(dǎo)致不可逆的DNA交聯(lián),這部分DNA已無法進(jìn)行擴(kuò)增。

Qiagen QIAamp DNA FFPE Tissue Kit(貨號(hào)56404)技術(shù)原理

Qiagen QIAamp DNA FFPE Tissue Kit(貨號(hào)56404)可以成功克服影響FFPRE DNA提取質(zhì)量的因素,從而得到高質(zhì)量DNA。

QIAamp DNA FFPE Tissue Kit使用成熟的QIAamp MinElute技術(shù),從小體積樣本中純化基因組DNA和線粒體DNA。該試劑盒同時(shí)具備硅膠膜選擇性結(jié)合DNA的特性,以及20 µl100 µl的靈活洗脫體積。

經(jīng)專門優(yōu)化的裂解條件,無需過夜溫育即可從福爾馬林固定、石蠟包埋組織中高效純化基因組DNA。蛋白酶K消化后在較高的溫度溫育,部分去除游離DNA的福爾馬林交聯(lián),提高DNA產(chǎn)量和純度,更適用于下游應(yīng)用。需要注意的是,從福爾馬林固定、石蠟包埋樣本中分離的DNA分子量通常低于新鮮或冷凍樣本中的DNA。DNA片段化的程度取決于樣本類型、儲(chǔ)存時(shí)間以及固定的條件。

使用Qiagen QIAamp DNA FFPE Tissue Kit(貨號(hào)56404)提取的高質(zhì)量DNA可以直接應(yīng)用于多個(gè)下游反應(yīng)。如單核苷酸多態(tài)性(SNP)、短串聯(lián)重復(fù)序列(STR)基因分型和藥物基因組學(xué)研究,也可用于PCR。

Qiagen QIAamp DNA FFPE Tissue Kit(貨號(hào)56404)的優(yōu)點(diǎn):

1. 流程簡(jiǎn)單

2.最快僅30分鐘即可得到高純DNA

3.特別適用于同時(shí)處理多個(gè)樣本。

4. 從小體積樣本中純化基因組DNA和線粒體DNA


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